Además de los testimonios, la Misa y las numerosas ocasiones de encuentro en el Encuentro, existe un espacio dedicado a la oración muy especial.

Una de las propuestas, nacidas del Padre Caffarel, para vivir la oración es el llamado a convertirse en intercesores. A través de la oración y el ayuno, una vez al mes, muchas parejas viven el encuentro con Dios. Las intenciones pueden ser personales, a través del envío de mensajes de los Equipistas que están atravesando graves pruebas, y generales, según las intenciones de la Iglesia.

En la sede que acoge el Encuentro, se ha creado un lugar específico: una capilla donde se puede vivir esta experiencia abierta a todos. Francesco y Giulia, una pareja presente en el movimiento desde hace treinta y cuatro años, han querido testimoniar así su compromiso: «Con la oración fortalecemos nuestra relación de pareja. Es una manera de desnudar nuestras dificultades y ofrecerlas al Señor». Mattia ha subrayado: «La oración es una manera de estar cerca de amigos que viven lejos».